1、染色标记法：
用毛笔将苦味酸（黄色）或中性红（红色）涂在动物的不同部位，各个部位所表示的号码如下图所示，用黄色表示个位数，红色表示十位数。此方法适用短期实验的大小鼠。
2、 耳洞标记法：
使用耳标器和手术剪在对应编号位置将小鼠耳朵标记耳洞、单/双切口或者“V”状，(耳标器可标记①洞；②单切口；③双切口。手术剪可标记“V”)，如图所示。注意事项： 超过小鼠的某一周期耳洞或缺口可能长好。此外，如果同窝小鼠打架可能撕裂耳洞和缺口。所以，定期检查耳朵以此确保动物仍能被准确的辨识很重要。
3、 耳标标记法：
使用耳标钳将耳标固定在小鼠耳朵上，定期检查耳标，防止耳标掉落。
4、 剪脚趾标记法：
后脚趾为个位数，左前趾为十位偶数，右前趾为百位数。建议小鼠出生后10左右完成剪脚趾编号，便于固定操作，且出血量少。
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